Jacques van Helden - Thesis supervision / Direction de thèses et mémoires

Thèses de doctorat (PhD)

    Direction

  1. 2005 - 2010. Karoline Faust. Doctorat en Sciences - ULB. Development, assessment and application of bioinformatics tools for the extraction of pathways from metabolic networks.
  2. 2005 - 2009. Jean-Valéry Turatsinze. Doctorat en Sciences - ULB. Développement et évaluation de méthodes bioinformatiques pour la détection de séquences cis-régulatrices impliquées dans le développement de la drosophile.
  3. 2004 - 2008. Sylvain Brohée. Doctorat en Sciences - ULB. Étude bioinformatique du réseau d’interactions entre protéines de transport chez les Fungi.
  4. 2003 - 2007. Rekin's Janky. Doctorat en Sciences - ULB. Étude bioinformatique de l’évolution de la régulation transcriptionnelle chez les bactéries.
  5. Co-direction

  6. 2008 - 2012. Alejandra Medina-Rivero. Doctorado en ciencias bioquemicas - Universidad Nacional Autonoma de Mexico (UNAM). Co-direction with Julio Collado (UNAM)-Vides. Análisis de la combinatoria funcional de los factores transcripcionales de Escherichia coli K-12.
  7. 2008 - 2011. Elodie Darbo. Doctorat en Sciences - Université de la Méditerranée (Marseille, France). Co-direction with Denis Thieffry. Analyse de la regulation transcriptionnelle des gènes impliqués dans les stades précoces de l'activation zygotique chez la drosophile..
  8. 2006 - 2008. Morgane Thomas-Chollier. Doctorat en Sciences - ULB. Co-direction with Luc Leyns, Vrije Universiteit Brussel (Belgium). Evolutionary study of the Hox gene family with matrix-based bioinformatics approaches.
  9. 2004 - 2008. Doctorat en Sciences - ULB. Gipsi Lima-Mendez. Towards in silico detection and classification of prokaryotic mobile genetic elements. Co-direction with Ariane Toussaint.
  10. Supervision

  11. 2001 - 2005. Didier Croes. Doctorat en Sciences - ULB. Co-direction with Shoshana Wodak (ULB). Recherches de chemins dans le réseau métabolique et mesure de la distance entre enzymes.
  12. 2001 - 2005. Nicolas Simonis. Doctorat en Sciences - ULB. Co-direction with Shoshana Wodak (ULB). Analyse bioinformatique de la régulation transcriptionnelle des complexes protéiques chez la levure Saccharomyces cerevisiae.

Mémoires de licence ou master (Master theses)

    Direction

  1. 2008 - 2009. Master en Bioinformatique et Modélisation - ULB. Nicolas Rosewick. Approches algorithmiques combinant le layout et le clustering de graphes - applications aux réseaux biologiques.
  2. 2007 - 2008. DEA en biologie moléculaire - ULB. Youssef El Fattahi. Etude de l'évolution de la régulation transcriptionnelle des gènes impliqués dans le métabolisme du phosphate et de la méthionine chez les levures.
  3. 2007 - 2008. DEA en biologie moléculaire - ULB. Rossy Nkoubouala. Prédiction des motifs exceptionnels et détection des sites de régulation dans les régions intergéniques en amont des gènes de Mycobactériophages.
  4. 2007 - 2008. Licence en anthropologie - ULB. Leslie Moreau. La théorie de l’évolution à travers le prisme des religions.
  5. 2006 - 2007. DEA en bioinformatique - ULB. Khatib Massaaoudi. Propriétés statistiques du voisinage des noeuds dans un graphe - Application au réseau de transduction de signal TransPath.
  6. 2006 - 2007. DEA en bioinformatique - ULB. Grégory Gathy. Evaluation de stratégies d'optimisation et de scores alternatifs pour le Gibbs sampler.
  7. 2006 - 2007. DEA en bioinformatique - ULB. Gilles Vanderstocken. Evaluation des réseaux de co-régulation inférés à partir d'empreintes phylogénétiques.
  8. 2006 - 2007. DEA en bioinformatique - ULB. Alexandre Lutumba. Prédiction de motifs de fixation de facteurs transcriptionnels par l'analyse des promoteurs de tous les gènes triés sur base de données ChIP-chip.
  9. 2004 - 2005. DEA en bioinformatique - ULB. Ahmed Essaghir. Detection of regulatory signals from clusters of co-expressed genes in plasmodium falciparum.
  10. 2004 - 2005. DEA en bioinformatique - ULB. Mehdi Jbel. Evolution de la régulation azotée dans les génomes bactériens.
  11. 2004 - 2005. licence en biologie - ULB. Jean-Valéry Turatsinze. Localisation de signaux de régulation dans les séquences de promoteurs humains.
  12. 2003 - 2004. DEA en bioinformatique - ULB. Pierre Jonniaux. Evolution des séquences régulatrices de levure.
  13. 2001 - 2002. DEA en bioinformatique - ULB. Rekin's Janky. Prédiction des voies métaboliques chez Ralstonia eutropha.
  14. 2001 - 2002. DEA en bioinformatique - ULB. Joseph Tran. Prédiction de la régulation transcriptionnelle chez la levure Schizosaccharomyces pombe.
  15. 2001 - 2002. DEA en bioinformatique - ULB. Hassan Ghazal. Analyse de la régulation des gènes exprimés spécifiquement dans le pollen.
  16. 2000 - 2001. DEA en bioinformatique - ULB. Patrice Chagnau. Prédiction génomique de gènes régulés par l'azote.
  17. 2000 - 2001. DEA en bioinformatique - ULB. Magali Lescot. Analyse des séquences régulatrices d'Arabidopsis thaliana.
  18. 2000 - 2001. DEA en bioinformatique - ULB. Didier Gonze. Classification de gènes sur base de motifs de régulation.
  19. Co-direction

  20. 2007 - 2008. Licence en mathématiques - ULB. Maud Vidick. Analyse de motifs dans les séquences d'ADN.
  21. 2006 - 2007. Mastria en Ciencias Genomicas - Universidad Nacional Autonoma de Mexico (Mexico). Alejandra Medina-Rivero. Analisis de la regulacion transcripcional.
  22. 2001 - 2002. licence en informatique - ULB. Fabian Couche. Développement d'algorithmes pour l'analyse des voies métaboliques.